吳運東1970年參與WHO在日本舉辦的肺結核防治計畫訓練時，便深深感受到參與WHO以取得相關資源並建立WHO和臺灣國內醫衛合作的重要性。當時臺灣還沒有退出聯合國，也還是WHO成員，因此WHO會定期派員指導這項肺結核防治計畫。不僅如此，當時吳運東和其他醫療、公衛專家也可以參與WHO各項會議及活動，獲得最新資訊及技術。在那段時間，臺灣醫衛專家也被聘為WHO世界各地區顧問，為全球衛生事務貢獻心力。
WHO 每年5 月在瑞士日內瓦舉行世界衛生大會(WHA)，討論全球重要公共衛生議題，訂定全球重要衛生政策與指引。1972年臺灣退出聯合國後，也被迫退出WHO，再也無法以會員國身分參與WHO 相關會議及活動，成了「世衛孤兒」，被排除於所有WHO相關全球醫衛計畫及機制之外。
積極爭取國際支持 讓世界聽到臺灣的聲音
防疫沒有國界，全球衛生安全是國際共同責任，自1997年起，為維護臺灣2300 萬人民的健康權益及善盡國際責任，政府開始積極推動臺灣重返WHO。從外交部、衛生署等政府機關到民間醫事團體齊力動員，向國際社會爭取臺灣參與WHO。吳運東適逢1998 年接任臺灣醫師會理事長，一上任就義不容辭帶頭衝刺，極力響應，希望全世界都聽到臺灣的訴求。
吳運東擔任臺灣醫師會理事長期間，積極參與各項國際會議，並前往各國拜訪國會議員、醫界團體、衛生及外交政府機關等，足跡遍布亞洲、歐洲及美洲等三十餘國，更邀集國際媒體舉行記者會向世界發聲，竭力推展醫療外交並遊說各國支持臺灣加入WHO。
推動世界醫師會支持臺灣參與WHO
世界醫師會(World Medical Association, WMA)為國際頂尖的專業醫師團體，亦為與WHO有正式緊密關係之非官方組織，其會員逾一千萬人，遍及全球114 國。吳運東擔任臺灣醫師會理事長期間，積極推動臺灣醫師會與世界醫師會交流合作，並主動邀集世界醫師會歷任之會長、各國醫師會會長等來台參訪，強化臺灣醫師會與世界醫師會及各國醫師會間之聯繫，為臺灣累積廣闊國際人脈，亦為推動臺灣參與WHO鋪路。
